|
|
Blind Image Deconvolution in STEM mode of Electron Microscope
Valterová, Eva ; Walek, Petr (referee) ; Potočňák, Tomáš (advisor)
Slepá dekonvoluce je metoda, při které je rozptylová funkce a skutečný obraz rekonstruován zároveň. Cílem této práce je představit různé metody slepé dekonvoluce a najít optimální metodu rekonstrukce původního obrazu a rozptylové funkce. Jako nejvhodnější metoda slepé dekonvoluce byl zvolen algoritmus střídavé minimalizace, který byl upraven a testován. Vlastnosti navrženého algoritmu byly testovány na uměle degradovaných datech a na reálných datech pořízených skenovacím transmisním elektronovým mikroskopem. Účinnost algoritmu byla hodnocena hned několika hodnotícími kritérii. Byla zjištěna omezení algoritmu a tím specifikováno jeho využití.
|
|
|
Modeling and Signal Processing in Dynamic Contrast Enhanced Magnetic Resonance Imaging
Kratochvíla, Jiří ; Šroubek,, Filip (referee) ; Tintěra,, Jaroslav (referee) ; Jiřík, Radovan (advisor)
The theoretical part of this work describes perfusion analysis of dynamic contrast enhanced magnetic resonance imaging from data acquisition to estimation of perfusion parameters. The main application fields are oncology, cardiology and neurology. The thesis is focused on quantitative perfusion analysis, specifically it contributes to solving of the the main challenge of this method – correct estimation of the contrast-agent concentration sequence in the arterial input of the region of interest (arterial input function). The goals of the thesis are stated based on literature review and on the expertise of our group. Blind deconvolution is selected as the method of choice. In the practical part of this thesis, a new method for arterial input function identification based on blind deconvolution is proposed. The method is designed for both preclinical and clinical applications. It was validated on synthetic, preclinical and clinical data. Furthermore, possibilities of the longer temporal sampling provided by blind deconvolution were analyzed. This can be used for improved spatial resolution and possibly for higher SNR. For easier deployment of the proposed methods into clinical and preclinical use, a software tool for perfusion data processing was designed.
|
|
|
Blind Image Deconvolution of Electron Microscopy Images
Schlorová, Hana ; Odstrčilík, Jan (referee) ; Walek, Petr (advisor)
V posledních letech se metody slepé dekonvoluce rozšířily do celé řady technických a vědních oborů zejména, když nejsou již limitovány výpočetně. Techniky zpracování signálu založené na slepé dekonvoluci slibují možnosti zlepšení kvality výsledků dosažených zobrazením pomocí elektronového mikroskopu. Hlavním úkolem této práce je formulování problému slepé dekonvoluce obrazů z elektronového mikroskopu a hledání vhodného řešení s jeho následnou implementací a porovnáním s dostupnou funkcí Matlab Image Processing Toolboxu. Úplným cílem je tedy vytvoření algoritmu korigujícícho vady vzniklé v procesu zobrazení v programovém prostředí Matlabu. Navržený přístup je založen na regularizačních technikách slepé dekonvoluce.
|
|
|
Modelling for ultrasound perfusion imaging
Jakubík, Juraj ; Jiřík, Radovan (referee) ; Mézl, Martin (advisor)
This master thesis deals with the contrast agents and their application in the ultrasound perfusion analysis. It is focused on Bolus & Burst method which, as a combination of two approaches that have been used so far, allows an absolute quantification of perfusion parameters in the region of interest. Contrast agent concentration time sequence is modeled as a convolution of the parametrically defined arterial input function and the tissue residual funkction. Thesis discusses different mathematical models of these functions as well as the methods of the parameters estimation. The methods functionality is validated on simulated and also preclinical data.
|
|
|
Modelling for ultrasound perfusion imaging
Hracho, Michal ; Šikner, Tomáš (referee) ; Mézl, Martin (advisor)
This thesis deals with the possibilities of determining perfusion parameters of vascular system, using contrast-enhanced ultrasound imaging, which is non-invasive method. Properties of ultrasonography and use of contrast agents are briefly summarized. The methods selected for perfusions analysis were Bolus-tracking¬¬, Burst-replenishment and both of them combined – Bolus&Burst. Parametric models based on these methods were created for modelling an approximation of set perfusion parameters with the use of blind deconvolution.
|
|
|
Blind Image Deconvolution in STEM mode of Electron Microscope
Valterová, Eva ; Walek, Petr (referee) ; Potočňák, Tomáš (advisor)
Slepá dekonvoluce je metoda, při které je rozptylová funkce a skutečný obraz rekonstruován zároveň. Cílem této práce je představit různé metody slepé dekonvoluce a najít optimální metodu rekonstrukce původního obrazu a rozptylové funkce. Jako nejvhodnější metoda slepé dekonvoluce byl zvolen algoritmus střídavé minimalizace, který byl upraven a testován. Vlastnosti navrženého algoritmu byly testovány na uměle degradovaných datech a na reálných datech pořízených skenovacím transmisním elektronovým mikroskopem. Účinnost algoritmu byla hodnocena hned několika hodnotícími kritérii. Byla zjištěna omezení algoritmu a tím specifikováno jeho využití.
|
|
|
Modeling and Signal Processing in Dynamic Contrast Enhanced Magnetic Resonance Imaging
Kratochvíla, Jiří ; Šroubek,, Filip (referee) ; Tintěra,, Jaroslav (referee) ; Jiřík, Radovan (advisor)
The theoretical part of this work describes perfusion analysis of dynamic contrast enhanced magnetic resonance imaging from data acquisition to estimation of perfusion parameters. The main application fields are oncology, cardiology and neurology. The thesis is focused on quantitative perfusion analysis, specifically it contributes to solving of the the main challenge of this method – correct estimation of the contrast-agent concentration sequence in the arterial input of the region of interest (arterial input function). The goals of the thesis are stated based on literature review and on the expertise of our group. Blind deconvolution is selected as the method of choice. In the practical part of this thesis, a new method for arterial input function identification based on blind deconvolution is proposed. The method is designed for both preclinical and clinical applications. It was validated on synthetic, preclinical and clinical data. Furthermore, possibilities of the longer temporal sampling provided by blind deconvolution were analyzed. This can be used for improved spatial resolution and possibly for higher SNR. For easier deployment of the proposed methods into clinical and preclinical use, a software tool for perfusion data processing was designed.
|
|
|
Blind Image Deconvolution of Electron Microscopy Images
Schlorová, Hana ; Odstrčilík, Jan (referee) ; Walek, Petr (advisor)
V posledních letech se metody slepé dekonvoluce rozšířily do celé řady technických a vědních oborů zejména, když nejsou již limitovány výpočetně. Techniky zpracování signálu založené na slepé dekonvoluci slibují možnosti zlepšení kvality výsledků dosažených zobrazením pomocí elektronového mikroskopu. Hlavním úkolem této práce je formulování problému slepé dekonvoluce obrazů z elektronového mikroskopu a hledání vhodného řešení s jeho následnou implementací a porovnáním s dostupnou funkcí Matlab Image Processing Toolboxu. Úplným cílem je tedy vytvoření algoritmu korigujícícho vady vzniklé v procesu zobrazení v programovém prostředí Matlabu. Navržený přístup je založen na regularizačních technikách slepé dekonvoluce.
|
|
|
Modelling for ultrasound perfusion imaging
Jakubík, Juraj ; Jiřík, Radovan (referee) ; Mézl, Martin (advisor)
This master thesis deals with the contrast agents and their application in the ultrasound perfusion analysis. It is focused on Bolus & Burst method which, as a combination of two approaches that have been used so far, allows an absolute quantification of perfusion parameters in the region of interest. Contrast agent concentration time sequence is modeled as a convolution of the parametrically defined arterial input function and the tissue residual funkction. Thesis discusses different mathematical models of these functions as well as the methods of the parameters estimation. The methods functionality is validated on simulated and also preclinical data.
|
|
|
Modelling for ultrasound perfusion imaging
Hracho, Michal ; Šikner, Tomáš (referee) ; Mézl, Martin (advisor)
This thesis deals with the possibilities of determining perfusion parameters of vascular system, using contrast-enhanced ultrasound imaging, which is non-invasive method. Properties of ultrasonography and use of contrast agents are briefly summarized. The methods selected for perfusions analysis were Bolus-tracking¬¬, Burst-replenishment and both of them combined – Bolus&Burst. Parametric models based on these methods were created for modelling an approximation of set perfusion parameters with the use of blind deconvolution.
|
guest ::
